The mountainous part of the country, Upper Macedonia, consisted of small, local Macedonian principalities (such as Elimia, Orestis, Lyncestis), which were linked to the Temenid state of Lower Macedonia either as allies or as vassals.

Aegae (now Vergina), in the west Pierian foothills, was the capital of the state, and Dion, in the foothills of Mount Olympus, was its religious centre. The archaic tombs at Vergina, not far from the royal tombs of the fourth century B.C., contain finds of vital significance for the reconstruction of early Macedonian culture. Similar finds have been discovered in the cemeteries of Sindos, Ayia Paraskevi, and Therme near Thessaloniki, and also at Aeane in Upper Macedonia. Recent excavations at Aeane, which was the capital of Elimia, have brought to light splendid evidence of the Greek art of the archaic period.

Two sacred structures in the sanctuary of Demeter, goddess of the harvest, at Dion also date from this period: long, narrow halls with a chamber and an antechamber, they belong to an architectural type which was particularly important and widespread in Greece in the Mycenaean and Geometric periods. Among the offerings to the goddess was a Mycenaean gemstone angraved with a representation pf a lion (15th c. B.C), a memento of the region's more ancient history. On the site where Thessaloniki was later to be built, a splendid Ionic temple was erected in archaic times (C. 500 B.C.), a veritable beacon for those approaching the innermost reaches of the Thermaic Gulf. The Persian Wars of the early fifth century B.C. opened a new chapter in Greek history. Xerxes and his army passed through Macedonia on their way to southern Greece.

Το ορεινό μέρος της χώρας, η άνω Μακεδονία που αποτελούνταν από μικρές τοπικές ηγεμονίες Μακεδόνων (όπως η Ελίμεια, η Ορεστίς, η Λυγκηστίς) συνδέθηκε με το κράτος των Τημενιδών της κάτω Μακεδονίας με σχέσεις συμμαχίας ή και υποτέλειας.

Πρωτεύουσα του κράτους έγιναν οι Αιγές (σημ. Βεργίνα), στις δυτικές υπώρειες των Πιερίων και ιερό κέντρο το Δίον στους πρόποδες του Ολύμπου. Οι αρχαϊκοί τάφοι της Βεργίνας κοντά στους βασιλικούς του 4ου αι. π.Χ. περιέχουν ευρήματα που η σημασία τους είναι καίρια για την ανάπλαση του πρώιμου πολιτισμού της Μακεδονίας. Παρόμοια ευρήματα αποκαλύφθηκαν στα νεκροταφεία της Σίνδου, της Αγίας Παρασκευής και της Θέρμης γύρω από τη Θεσσαλονίκη αλλά και της Αιανής στην άνω Μακεδονία. Οι πρόσφατες ανασκαφές στην πόλη αυτή που ήταν η πρωτεύουσα της Ελιμείας έφεραν στο φως θαυμαστές μαρτυρίες της ελληνικής τέχνης των αρχαϊκών χρόνων.

Την ίδια εποχή στο Δίον της Πιερίας κατασκευάστηκαν στο τέμενος της Θεάς των καρπών της γης, της Δήμητρας, δύο ιερά κτίσματα με τη μορφή μεγάρου (μακρόστενα κτίρια με θάλαμο και προθάλαμο), ενός αρχιτεκτονικού τύπου εξαιρετικά διαδεδομένου και σημαντικού στον ελλαδικό χώρο και κατά τη μυκηναϊκή και τη γεωμετρική εποχή. Μαζί με άλλες προσφορές στη Θεά ήταν και ένας μυκηναϊκός δακτυλιόλιθος με παράσταση λιονταριού (15ος αι. π.Χ.), ανάμνηση από την παλαιότερη ιστορία της περιοχής. Στη θέση όπου αργότερα χτίστηκε η Θεσσαλονίκη υψωνόταν τα αρχαϊκά χρόνια (γύρω στο 500 π.Χ.) ένας λαμπρός ιωνικός ναός, αλάθευτο σημάδι για αυτούς που πλησίαζαν το μυχό του Θερμαϊκού κόλπου. Οι Περσικοί πόλεμοι στις αρχές του 5ου αι. π.Χ. άνοιξαν ένα νέο κεφάλαιο στην ελληνική ιστορία. Ο Ξέρξης με το στρατό του πέρασε από τη Μακεδονία κατεβαίνοντας προς τη νότια Ελλάδα.