Τη διοίκηση της Πολυτεχνικής Σχολής έχει αναλάβει, ως ανώτατο όργανο, η Γενική Συνέλευση, ενώ εκτελεστικό όργανο των αποφάσεων αποτελεί η Κοσμητεία της Σχολής, με προεδρεύοντα τον Κοσμήτορα της Πολυτεχνικής Σχολής.
Ως μέρος του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, η Πολυτεχνική Σχολή διατηρεί τη γενικότερη δομή και σύμφωνα με αυτή αποτελείται από Τμήματα, τα οποία εκπροσωπούνται στην Κοσμητεία μέσω των Προέδρων τους. Τα Τμήματα αποτελούνται από Τομείς, που υποστηρίζονται στην έρευνα από τα Εργαστήρια.
Στα 50 χρόνια της ζωής της η Πολυτεχνική Σχολή πέρασε στιγμές έντασης και ηρεμίας, έζησε όλα τα γεγονότα που απασχόλησαν την πανεπιστημιακή κοινότητα και συμμετείχε ενεργά στις αγωνίες και στους αγώνες της. Συνέβαλε στην εκπαίδευση και στην έρευνα, προώθησε λύσεις στα προβλήματα Παιδείας, στον εκδημοκρατισμό και στην αναμόρφωσή της, συνέβαλε αποφασιστικά στην πολιτιστική ζωή και στην ανάπτυξη της χώρας, με την διοργάνωση ή τη συμμετοχή σε πλήθος πολιτιστικών εκδηλώσεων, αναπτυξιακών προγραμμάτων και στην εκτέλεση μεγάλων έργων του βορειοελλαδικού χώρου. Παράλληλα, στηρίζεται στις αγωνιστικές εμπειρίες και στις δημοκρατικές παραδόσεις του Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, προσέφερε σημαντικά στον αγώνα για τη δημοκρατική πορεία της χώρας.